Preguntas frecuentes sobre la firma de facturas electrónicas con certificado digital

En España ya se intercambian más de 550 millones de facturas electrónicas al año, según datos del Ministerio de Economía, Comercio y Empresa. Independientemente del receptor (empresa, particular o Administración), las cifras muestran que la facturación electrónica es una práctica consolidada en la operativa diaria de las organizaciones y, en gran medida, también su firma.

La legislación, como suele pasar, es la que dicta los pasos a seguir cuando se trata de digitalizar procesos. Y en los últimos meses el marco normativo alrededor de las facturas electrónicas se ha vuelto más complejo, con Verifactu y la nueva factura electrónica B2B avanzando casi en paralelo, pero con calendarios y objetivos distintos que generan bastante confusión entre las compañías y sus responsables.

Con el objetivo de disipar las dudas y ayudar a las empresas en sus procesos de facturación, en este artículo hemos recopilado las preguntas más habituales acerca de la firma de facturas electrónicas, así como el protagonismo que adquiere el certificado digital en ellas.

¿Es obligatorio firmar las facturas electrónicamente?

La obligatoriedad depende de a quién factura la empresa:

  • Si factura a la Administración Pública, firmar electrónicamente con un certificado electrónico reconocido es obligatorio desde 2015.
  • Si factura a otra empresa o a un particular bajo el régimen general, la normativa no exige firma electrónica. Sí exige garantizar la autenticidad e integridad de la factura a través de distintos métodos, siendo uno de ellos la firma electrónica avanzada con certificado digital cualificado (siendo esta la más recomendable en términos legales y de seguridad).

Esto último está a punto de cambiar, puesto que la facturación electrónica entre empresas y profesionales (B2B) pasará a ser obligatoria, tal y como se estipula en el Real Decreto 238/2026, y con ella, la firma electrónica avanzada con certificado digital cualificado para toda factura emitida a través de una plataforma privada. Una vez publicada la Orden Ministerial (estimada para el 1 de octubre de 2026), las empresas dispondrán de 12 o 24 meses (dependiendo de su tamaño) para adaptar sus procesos. En caso de emitir las facturas a través de la Solución Pública de Facturación Electrónica (SPFE), no será necesario firmarlas electrónicamente.

Esta nueva obligación no afecta a las facturas dirigidas a un particular (B2C): al no ser el destinatario un empresario o profesional, esas facturas seguirán bajo el régimen general, sin exigencia de firma.

¿Cuáles son los requisitos para firmar una factura electrónica?

Tres requisitos, según el contexto legal que aplique a la compañía y cómo o a quién factura:

  • Un certificado digital cualificado y válido, cuando se exige firma electrónica avanzada.
  • Un formato compatible con el régimen bajo el que factura la empresa: estructurado y ajustado a EN16931 (UBL, CII, EDIFACT o Facturae) si es factura B2B obligatoria; Facturae si factura a la Administración Pública; o bien PDF u otro formato que acuerde la organización con su cliente en el régimen general.
  • Una herramienta que aplique la firma, siempre que el proceso lo requiera, como AutoFirma o el propio software de facturación o ERP, si ya incluye esa función. Con la entrada en vigor de la facturación electrónica B2B, será necesario el uso de una plataforma privada para intercambiar facturas (o bien la solución pública ofrecida por la AEAT).

Si la facturación es únicamente a particulares (B2C), no se precisa ninguno de estos requisitos, aunque el uso del certificado, sobre todo si se encuentra centralizado, dota al proceso de mayor seguridad, control y trazabilidad. Una serie de garantías de las que también se beneficia la facturación B2B si asume el mismo escenario de firmar con el certificado centralizado.

¿Qué certificado digital es necesario para firmar una factura electrónica?

Se necesita un certificado cualificado, emitido por un prestador de servicios de confianza acreditado bajo el reglamento eIDAS. Puede ser:

  • Certificado de representante, que vincula a una persona física con la entidad.
  • Certificado de sello electrónico, que identifica directamente a la organización. Este es el utilizado normalmente para la facturación automatizada o masiva.

¿Es necesario instalar el certificado en el software de facturación o el ERP para firmar?

No, y hacerlo tiene consecuencias. Es cierto que muchas herramientas permiten subir o instalar el certificado directamente en la plataforma para firmar desde ahí. Pero esta acción no es indispensable y, además, tiene un coste: la clave privada queda alojada dentro de la aplicación, de modo que cualquier incidente en ese software (una brecha, un fallo de configuración o un acceso indebido) compromete el certificado. La alternativa es alojar el certificado en un repositorio seguro, de forma centralizada e independiente del software de facturación, y conectarlo a este mediante una integración para firmar las facturas sin que la clave privada se comparta.

¿En qué se diferencian el SII, Verifactu y la factura electrónica B2B? ¿Qué papel juega el certificado digital?

Este triángulo es uno de los que más confusión genera entre las empresas, sobre todo porque persiguen objetivos diferentes. Mientras que Verifactu y el SII están enfocados en la transparencia y el control fiscal, la factura electrónica B2B se centra en la digitalización de las relaciones comerciales entre compañías y profesionales:

SII Verifactu Factura electrónica B2B
Relación que regula Empresa → Hacienda. Empresa conserva o remite registros a la AEAT, según la modalidad elegida (VERI*FACTU o no VERI*FACTU). Empresa ↔ cliente/proveedor.
Qué exige Enviar el registro de facturación a la AEAT en 4 días naturales para las facturas emitidas (8 días si son recibidas por el destinatario). Que el software de facturación cumpla ciertos requisitos técnicos (huella encadenada, QR en factura…). Formato estructurado (EN16931) e informar del estado de la factura y el pago.
Quién está obligado Empresas con volumen de operaciones superior a 6.010.121,04 €, también grupos de IVA, las inscritas en el REDEME y quienes se adhieren voluntariamente. Empresas (1 enero 2027) y autónomos (1 julio 2027). Están exentos quienes ya cumplen el SII o aquellos con sede fiscal en territorios forales. Empresas con facturación superior a 8M€ (presumiblemente, a partir de octubre de 2027) y resto de empresas y autónomos (presumiblemente, a partir de octubre de 2028). Fechas por confirmar tras la Orden Ministerial.
Papel del certificado digital Autenticación para el envío telemático a la AEAT (conexión segura). Puede usarse también para la firma electrónica de la factura. Autenticación para el envío del registro a la AEAT en la modalidad VERI*FACTU. En la modalidad no VERI*FACTU se usa, además, para firmar explícitamente (XAdES) cada registro. Puede usarse también para la firma electrónica de la factura. Sí exige certificado digital cualificado para la firma electrónica avanzada de la factura, aplicada por el emisor o mediante firma delegada autorizada.
Normativa que lo rige Real Decreto 596/2016, de 2 de diciembre (modifica el Reglamento del IVA). Ley 11/2021, «Ley Antifraude» (art. 29.2.j LGT), desarrollada por el Real Decreto 1007/2023 —modificado por el RD 254/2025 y aplazado por el RD-ley 15/2025—. Ley 18/2022, «Ley Crea y Crece» (art. 12, que modifica el art. 2 bis de la Ley 56/2007), desarrollada por el Real Decreto 238/2026.

Una empresa no puede estar sujeta al SII y a Verifactu a la vez, ya que son excluyentes entre sí. Sí puede estar aplicando ya la factura electrónica B2B en paralelo, aunque su obligatoriedad todavía no haya llegado. Y, con todo ello, el marco normativo que envuelve el proceso de facturación no deja de avanzar: la directiva europea ViDA (UE 2025/516) obligará a que las empresas utilicen factura electrónica estructurada para las operaciones B2B intracomunitarias y reporten dichas operaciones en tiempo casi real.

¿Qué ocurre si el certificado caduca o se revoca antes de firmar una factura o enviar un registro a la AEAT?

Las facturas firmadas antes de la caducidad o la revocación de un certificado siguen siendo válidas. Lo mismo ocurre con los registros ya enviados a la AEAT. Pero una vez el certificado deja de ser válido, no puede volver a usarse en los procesos de facturación (o autenticación) hasta que se renueve o se emita uno nuevo.

Igualmente, cuando la facturación está automatizada, el proceso se interrumpe en el momento en que el sistema utilizado detecta que el certificado ya no es válido. En escenarios de volumen de facturación alto este es uno de los fallos operativos más comunes, y se puede evitar si la empresa se anticipa a la caducidad de sus certificados.

¿Qué sanciones existen por no firmar correctamente una factura electrónica?

Depende de la normativa aplicable, aunque las sanciones no se aplican por «no firmar» la factura en sí, sino por otros incumplimientos. Para las empresas acogidas al régimen de Verifactu, las sanciones están cuantificadas con una multa fija de 50.000 € por ejercicio para quien use un sistema de facturación (SIF) no conforme.

Si un certificado caducado o revocado impide a la compañía autenticar y enviar el registro de facturación a tiempo al SII, entra en juego su propio régimen sancionador (art. 200 de la Ley General Tributaria): multa del 0,5 % del importe de la factura por cada registro enviado con retraso (mínimo 300 €, máximo 6.000 € por trimestre), o del 1 % por inexactitudes u omisiones en el registro (mínimo 150 €, mismo máximo).

En relación con la factura electrónica B2B (acorde al RD 238/2026), el reglamento no fija todavía cuantías concretas propias. Las cifras que circulan en distintas fuentes (desde 150 € hasta 10.000 €, o porcentajes del importe facturado) no están confirmadas de forma uniforme.

¿Cómo firmar una factura electrónica dirigida a la Administración Pública (B2G)?

Se rige por una normativa propia y consolidada. Desde el 15 de enero de 2015, toda factura dirigida a la Administración Pública debe emitirse en formato Facturae, con firma electrónica avanzada basada en certificado reconocido, y presentarse a través de un Punto General de Entrada de Facturas Electrónicas (FACe a nivel estatal, o el punto propio de cada Administración autonómica o local).

Existe una posible excepción para facturas inferiores a 5.000 €, aunque en la práctica muchas Administraciones exigen Facturae siempre.

¿Qué formato debe tener una factura electrónica para poder firmarla?

De nuevo, depende del régimen bajo el que facture la empresa:

  • Régimen general: cualquier formato estructurado o no estructurado (Facturae, XML propio, PDF, etc.) que el cliente (empresa o particular) haya consentido recibir en electrónico, siempre que garantice su legibilidad.
  • Factura B2G (Administración Pública): formato Facturae obligatorio, sin alternativa.
  • Factura B2B obligatoria: mensaje estructurado ajustado al modelo semántico europeo EN16931, en una de estas cuatro sintaxis: UBL, CII, EDIFACT o Facturae.

Gestión centralizada de certificados con Redtrust: la base para firmar facturas electrónicas sin fricciones

Resueltas las dudas anteriores, queda claro el papel tan importante que adquiere el certificado en la firma de facturas electrónicas. Un activo esencial que, al igual que ocurre en otros procesos en los que está involucrado o que dependen de él, exige a las empresas aplicar una gestión adecuada para no incurrir en riesgos operativos o de seguridad.

Con Redtrust, el certificado utilizado para la firma de facturas electrónicas y el envío de registros permanece centralizado y bajo custodia en un repositorio cifrado e independiente, lo que permite:

  • Evitar la instalación del certificado en el ERP, software de facturación o gestor documental utilizado por la empresa. Las aplicaciones que necesitan acceder al certificado para la firma de facturas lo hacen a través de una integración vía API con Redtrust, de manera que la clave privada nunca se ve expuesta.
  • Autenticarse frente a la sede de la AEAT de manera automatizada para el envío de los registros de facturación, ya sea para el cumplimiento de Verifactu o del SII, y sin tener que seleccionar manualmente el certificado cada vez.
  • Obtener una trazabilidad completa de cada firma con certificado, registrada en detalle en la consola de Redtrust con información sobre cómo se realizó cada proceso, en qué momento exacto y con qué certificado.
  • Gestionar la caducidad y los accesos a los certificados de forma eficiente, con avisos automáticos antes de que un certificado caduque y la posibilidad de habilitar o deshabilitar accesos de manera instantánea, por ejemplo, ante un cambio de proveedor o incorporación de empleado encargado de firmar las facturas.
  • Firma desatendida y masiva mediante dos vías, según cómo lo necesite la empresa: el agente no asistido, integrado con herramientas nativas de firma (como AutoFirma) para firmar lotes de documentos directamente desde su propio servidor; o la API DSS de Redtrust, que permite integrar la firma en cualquier aplicación corporativa. Ambas opciones cubren PDF, archivos XML (como Facturae) y otros binarios, sin intervención manual.

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      Otras dudas frecuentes sobre la firma de facturas electrónicas con certificado digital

      ¿Qué es la firma electrónica en una factura?

      La firma electrónica es el mecanismo que vincula una factura a la identidad de quien la emite. La firma con certificado digital (de representante o sello electrónico) garantiza que el documento no se ha alterado desde que se firmó, la identidad de la persona o empresa que la firma, y que esta no pueda negar después haberlo hecho. Si el certificado con el que se firma se encuentra centralizado, la empresa obtiene un plus de trazabilidad, control y seguridad durante el proceso de firma de facturas.

      ¿Todas las facturas deben firmarse cuando entre en vigor la facturación electrónica B2B?

      Si el intercambio de facturas es entre empresas y profesionales, y se usa para tal fin una plataforma privada, la firma electrónica avanzada de la factura será un requisito obligatorio.

      Si en cambio la factura se emite a través de la Solución Pública de Facturación Electrónica (SPFE) que gestionará la AEAT, es esta quien garantiza la autenticidad e integridad de la factura mediante sus propios procedimientos, sin que la empresa deba aplicar su propia firma.

      ¿Cómo se verifica que la firma de una factura recibida es válida?

      Depende de si la factura está firmada con certificado o no.

      Si está firmada con certificado, verificarla implica comprobar que el certificado estaba vigente y no revocado en el momento de la firma, y que el contenido de la factura coincide exactamente con lo que se firmó.

      Si no está firmada con certificado, no hay nada que verificar de forma criptográfica: la garantía recae en la trazabilidad del propio proveedor (que la factura se corresponda con un pedido, albarán o contrato real), no en algo que el receptor pueda comprobar técnicamente por su cuenta.

      ¿Cómo se puede automatizar la firma de facturas sin perder el control sobre quién firma qué?

      La clave está en que cada firma quede asociada a un certificado y a un registro de auditoría identificable que recopile qué se firmó, cuándo y con qué certificado. Para ello, es necesario centralizar el certificado en un sistema (como Redtrust) que permita generar esa auditoría de forma automática y firmar con total control. Cuando este control existe, automatizar cientos o miles de facturas es tan seguro como firmar una sola.

      ¿Por qué una factura electrónica puede dar error al firmarla o rechazar la firma digital al validarla?

      Las causas más frecuentes: el certificado está caducado o revocado, la cadena de confianza del certificado no está reconocida por quien valida, o bien el formato de firma (XAdES para XML/Facturae, PAdES para PDF, CAdES para otros binarios) no es compatible con lo que exige el receptor, entre otros motivos.

      ¿Se puede firmar una factura electrónica en PDF, o tiene que estar en un formato estructurado como Facturae?

      Depende del régimen que aplique a la compañía.

      Bajo el régimen general, un PDF firmado con certificado digital puede tener validez legal si ambas partes lo aceptan. En cambio, la factura electrónica B2B obligatoria exige un formato estructurado (CII, UBL, EDIFACT o Facturae, bajo el estándar europeo EN16931), y un PDF no cumple ese requisito, aunque esté firmado. Además, durante los primeros 12 meses de aplicación desde la entrada en vigor de dicha obligatoriedad, las empresas que facturan más de 8 millones de euros deberán acompañar la factura estructurada de una copia en PDF para garantizar su legibilidad, sin que este sustituya al fichero estructurado.

      Nota sobre IA: creado con apoyo de IA; redactado, revisado y editado por el equipo de Contenido de Redtrust.